Μετά την κατάπαυση της εικονομαχίας και την αναστήλωση των ιερών εικόνων, ο Πατριάρχης Μεθόδιος Α' (842-846 μ.Χ.) εισηγήθηκε στους βασιλείς Μιχαήλ και Θεοδώρα (842-867 μ.Χ.) οτι δεν είναι δίκαιο το ιερό λείψανο του Αγίου Νικηφόρου να βρίσκεται μακριά. Έτσι απεστάλησαν οι αρμόδιοι, οι οποίοι άνοιξαν τον τάφο του Αγίου στη μονή του Αγίου Θεοδώρου και βρήκαν το ιερό σκήνωμα αυτού ακέραιο και άθικτο δεκαέννέα έτη μετά την κοίμηση του. Με μεγαλοπρέπεια το έβαλαν σε βασιλική τριήρη και το έφεραν στη Βασιλεύουσα. Απο εκεί, το έτος 846 μ.Χ. το κατέθεσαν στο ναό των Αγίων Αποστόλων, όπου ετελείτο η Σύναξη αυτού (2 Ιουνίου)
